一是高级烟处在初霉但又无明显霉变时难于肯定是霉或非霉。这种烟只要嗅到有糖酸味(气)时，已经开始霉变了。但由于糖和酸的气味混在一起，使人很难断定。
二是低级烟的青杂气味与毒气混淆，也很难确认是霉或非霉。特别当人们的嗅觉和味觉有时失灵时，就更不能确切地鉴别出霉烟。为了提高鉴别霉烟的准确性，应采取多种方法，即感官与机具相结合的办法进行鉴别，如：
1、扩大鉴别透明度，争取更多的人尤其鉴别能力强的人来鉴别；
2、擦试鉴法，即对烟丝或烟梗上的白点判断不定时，可用棉签水温后，再将水拧千擦拭白点处，如果是霉就可擦去，若擦不去可能是溢出物或烟叶、烟梗残伤白点；
3、将烟丝放置于10倍放大镜下与无霉烟丝对照观察。霉烟丝上的茸毛比无霉烟要多得多，色暗，光泽与无霉烟明显差别，可把霉烟丝放在生物显微镜下观察，能够清楚地看到霉菌丝。在实际工作中还发现，有的低水分卷烟也发生霉变(13.0左右)这是干生型微生物，如白曲霉和灰绿曲霉等，在水分较低的烟丝上繁殖生长所造成的。据定点观察，卷烟在霉变过程中增温后还能波及含水量为12.5%的卷烟轻度霉变，低水分卷烟霉变往往带有滞后霉变现象。