运输的传统操作理论是接力式传送。航空快递公司则大多都采用中心分拨理论或称转盘分拨理论组织起全球的网络。简单来讲就是快递公司根据自己业务的实际情况在中心地区设立分拨中心（Hub）。各地收集起来的快件，按所到地区分拨完毕，装上飞机。当晚各地飞机飞到分拨中心，各自交换快件后飞回。第二天清晨，快件再由各地分公司用汽车送到收件人办公桌上。这种方式看上去似乎不太合理，但由于中心分拨理论减少了中间环节，快件的流向简单清楚，减少了错误，提高了操作效率，缩短了运送时间，被事实证明是经济、有效的。
货运使用的是航空运单，邮政使用的是包裹单，航空快递业也有自己的独特的运输单据——交付凭证（Proof of Delivery，POD）。交付凭证一式四份。联留在始发地并用于出口报关；第二联贴附在货物表面，随货同行，收件人可以在此联签字表示收到货物（交付凭证由此得名），但通常快件的收件人在快递公司提供的送货纪录上签字，而将此联保留；第三联作为快递公司内部结算的依据；第四联作为发件凭证留存发件人处，同时该联印有背面条款，一旦产生争议时可作为判定当事各方权益，解决争议的依据。
仅一年时间，国际快递巨头UPS在中国内地获准经营的快递城市就由5座增至19座。UPS是分“5+2+12”三批次申请，获准了在19座城市开展除信件之外的国内快递业务。
产业洞察网《航空货运行业深度评估及市场调查研究发展分析报告》显示，UPS在快递市场的开拓，虽短期内不会给本土快递企业带来实质影响，但对侧重中高端市场的顺丰以及EMS还是不可避免会带来一些冲击。但EMS市场人士则表示相对来说，航空货运或将受到更大冲击。此前，在联邦快递和UPS首次分别申请在8座城市和5座城市快递业务许可时，中航协就曾代表国内航空业作为利害关系人，提出激烈反对。中航协人士当时称，两家公司的申报行为是利用了中美对于快递业认识与法律的差异，“以快递为名，行航空运输为实”，一旦以快递名义进入中国市场，凭借其垄断技术、全球性网络，将迅速占取我国境内链接全球的物流市场，对国内航空货运市场造成严重冲击。
航空运输方式主要有班机运输，包机运输，集中托运和航空快递业务。
班机运输
班机运输(Scheduled Airline)指具有固定开航时间、航线和停靠航站的飞机。通常为客货混合型飞机，货舱容量较小，运价较贵，但由于航期固定，不利于（应该是有利于）客户安排鲜活商品或急需商品的运送。
包机运输
包机运输(Chartered Carrier)是指航空公司按照约定的条件和费率，将整架飞机租给一个或若干个包机人(包机人指发货人或航空货运代理公司)，从一个或几个航空站装运货物至指定目的地。包机运输适合于大宗货物运输，费率低于班机，但运送时间则比班机要长些。