商业保函，是由除银行以外的，实力雄厚的商业机构出具的保函，一般多为专业担保公司开具的公司保函，是商业机构信用担保。
区别就是银行保函是以银行信用为担保，承担人是银行。而商业保函是以商业机构信用为担保，承担人是商业机构。
保函(Letter of Guarantee, L/G)又称保证书，是指银行、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。保证在申请人未能按双方协议履行其责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。 保函即为保证书，为了方便，一般公司及银行都印有一定格式的保证书，其作用包括凭保函交付货物、凭保函签发清洁提单、凭保函倒签预借提单等。
公司保函就是担保公司开的保证书，即担保公司保函，又称为商业保函。
担保公司保函和银行保函具有相同的法律效力，且担保公司保函具有费用低，格式灵活，付款方式灵活，办理周期短等优点。采用担保公司保函代替银行保函能降低成本，节约时间。
银行保函： 1. 银行保函又称保证书，是指银行、保险公司、担保公司或担保人应申请人的请求，向受益人开立的一种书面信用担保凭证，保证在申请人未能按双方协议履行其责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定时限范围内的某种支付或经济赔偿责任； 2. 现阶段常用的银行保函为：投标保函、履约保函、支付保函、预付款保函。 履约保函： 1. 履约保函 Performance Guarantee，指应劳务方和承包方（申请人）的请求，银行金融机构向工程的业主方（受益人）做出的一种履约保证承诺； 2. 如果劳务方和承包方日后未能按时、按质、按量完成其所承建的工程，则银行将向业主方支付一笔约占合约金额5%~10%的款项； 3. 履约保函有一定的格式限制，也有一定的条件。 商业保函： 商业保函是指除银行以外有信誉的，实力雄厚的商业机构出具的保函。
履约保函相对于履约保证金的优点要从两个方面来看：
对承包方而言，减少由于缴纳现金保证金引起的长时间资金占用，获得资金收益，优化资金配置，且能更好地维护自身权益；
对业主方而言，能合理制约承包方行为，维护自身利益，也避免了收取、退回保证金程序的烦琐，提高工作效率。
履约保函的用途有哪些呢？
适用于任何工程中需对当事人履行合同义务提供担保的情况，常见于工程承包、转包等；
保函金额通常相当于合同总金额的5～10%。