北京协和医院创新性提出了“待病人如亲人，提高病人满意度；待同事如家人，提高员工幸福感”的办院理念；提炼出了“学术、品质、人文”的百年协和内涵；推进医疗服务体系、人才培养体系、科技创新体系、精细管理体系、开放协作体系、党建文化体系等“六大体系”建设。
在医疗实践的同时，曾学军教授致力于临床医学教育，任美国内科医师学会（ACP）Fellow、美国医学研究所（IOM）中国医学教育代表。曾荣获北京市高等教育改革二等奖、 “住院医师心中好老师”、北京市师德先进个人、北京协和医学院教学名师等荣誉，带领普通内科获得2015年北京协和医学院教学团队称号。2019年2月入选十大社区健康促进首 席专家。
近年来，得益于国家对风湿免疫病投入逐步增加，在SLE科技支撑计划/863项目、自身免疫性疾病新药临床评价研究技术平台科技重大专项、卫计委行业科研专项等支持下，以北京协和医院牵头，联合全国近800家风湿病诊治中心，已初步形成系统性红斑狼疮研究协作组（CSTAR）和国家风湿病数据中心（CRDC）的研究网络，成为国内的风湿病研究协作组织，创建了中国风湿病信息数据库、生物样本库（CRIP）和规范化培训和多学科交流平台（CREP），启动了中国风湿病学界的多中心协作研究，发布了中国风湿病学界的规范化诊治共识。
北京协和医院风湿免疫科被业界称为中国风湿病学科的“黄埔军校”。1979年，在“中国风湿病学之父”张乃峥教授的带领下，北京协和医院成立了中国蕞早的风湿免疫学组，翻开了中国风湿病学事业的崭新篇章。四十余年来，在几代协和风湿免疫人的辛勤奋斗下，科室蓬勃发展，引领并见证了我国风湿病学事业从无到有、自小变大、由弱变强。