相比传统的纸质保函，电子保函无需抵押、无需反担保、无需冻结资金，办理简单便捷、方便查验真伪、全程电子留痕，还可以在交易监管方面发挥出重要作用。在工程保证和涉及政府采购领域的投标保证、履约保证等领域，纸质保函和保证金作为两种担保方式，一直是市场上通行的做法。
保证金制度一直备受业界诟病，企业因交纳投标、履约等保证金，导致大量资金被占用，且周期很长、负担很重，严重阻碍了企业，特别是中小微企业的发展，而且保证金被挪用等违规违法案例也屡屡发生。
与保证金制度相比，纸质保函的使用，降低了公共资源交易平台的管理成本，对缓解投标企业资金压力起到了一定的作用。但纸质保函仍存在很多漏洞，由于纸质保函仍属于实物保证凭证，没有任何加密手段，在实际中存在无法验明真伪的情况，很容易造假。同时，也不便于平台方进行管理追踪，招标人索赔的效率不高。