一、对招标人而言，收取及退还手续繁琐，人力消耗大。众所周知，投标保证金被扣除的比例极低，根据我的经验肯定不超过1%，如果从保证金笔数而不是项目数统计，弄不好千分之一都不到。但是，收取，退还涉及业务部门及采购部门诸多工作，现在条例又要求退还利息，利息的计算，利息的退还财物手续，做账，这些工作相当繁琐。
二、保证金存在被收取者挪用的风险，而且对是否挪用难以监控。虽然法律上明文规定保证金不允许挪用，但事实上或多或少，无论是招标代理机构，还是招标人，什么有些政府交易平台，都存在一些保证金挪用的现象，如果挪用的大额保证金不能及时归还，对投标人会造成损失。
三、保证金退还不及时，人为造成投标人财务成本提高，资金效率降低。按照国家的法律要求，招标人应及时退还保证金，同时根据目前的招标流程要求，其保证金理论上在一个月内应该已经被退还，考虑到一些意外情况，平均一个月的占压时间已经是很充分考虑的了。但在向投标人进行调研的时候我们发现，目前投标保证金的质押时间，平均在2-3个月之间，造成这种现象既有招标人主观想要拖延，也有招标人内部退还程序复杂，退还积极性不高等原因。
四、投标人由于需要到处参加投标，保证金交纳笔数多了以后，累计数额也是不小的。或多或少影响了投标人的现金流，一方面造成这些资金的无效沉淀，一方面在投标人资金紧张后又加大了它外部融资的成本，间接提高企业的生产成本，招标人的采购价格。